A diferença entre os protocolos longo e curto reside no timing da regulação da baixa. O protocolo longo é normalmente escolhido injectando medicamentos de regulação da baixa de longa duração 7 dias após a ovulação no último ciclo menstrual, e depois iniciando a ovulação no 3º dia do período. A escolha de um regime longo ou curto baseia-se na função ovariana do doente.