O gás presente no intestino provém do ar ingerido; gás produzido no lúmen intestinal ou difundido para o lúmen intestinal a partir do sangue.
Normalmente, as pessoas engolem pequenas quantidades de gás durante a alimentação e bebida (amordaçar), mas algumas pessoas engolem gás inconsciente e repetidamente durante a alimentação e outras ocasiões, especialmente quando estão ansiosas. A maior parte do gás engolido é subsequentemente arrotado (arrotar), e apenas uma pequena quantidade entra no intestino delgado. A quantidade de gás que entra no intestino é largamente influenciada pela posição do corpo: o esófago esvazia o seu conteúdo na parte de trás do estômago, e na posição vertical, o gás sobe acima do conteúdo líquido do estômago e entra em contacto com a junção gastroesofágica, onde pode ser facilmente arrotado. Quando deitado, o gás preso abaixo do sumo gástrico é mais facilmente empurrado para o duodeno. A salivação excessiva pode também levar a um aumento da deglutição do ar e pode estar associada a muitas doenças gastrointestinais (DRGE), aparelhos mal adaptados, outras terapias, ou qualquer causa de náuseas. O arrotar pode estar associado à aplicação de antiácidos; porque os pacientes atribuem o alívio dos sintomas da úlcera ao arrotar e não aos antiácidos, os pacientes podem continuamente arrotar para aliviar a dor.
A produção de gás na luz intestinal pode ocorrer através de vários mecanismos. O metabolismo bacteriano pode produzir grandes quantidades de hidrogénio (H2), metano (CH4), e CO2. Quase todo o H2 é produzido no cólon pelo metabolismo bacteriano de substâncias fermentáveis ingeridas (hidratos de carbono e aminoácidos), pelo que a quantidade de hidrogénio pode ser ignorada após um jejum mais longo ou quando o alimento tiver sido completamente absorvido pelo intestino delgado após uma refeição. Outros factores mal compreendidos (tais como diferenças na flora e dinâmica intestinal) podem também ser associados à produção de diferentes gases. A população normal não pode absorver completamente os hidratos de carbono de alguns alimentos comuns. Em condições normais, também se pode produzir gás excessivo a partir de polissacarídeos não digeridos em frutas e legumes.
Pode produzir-se grandes quantidades de H2 após ingestão de certas frutas e legumes contendo hidratos de carbono não digeridos (por exemplo, feijões cozidos) e em doentes com má absorção, e os doentes com deficiência de dissacaridase (principalmente intolerância à lactose) podem excretar grandes quantidades de dissacarídeos no cólon e fermentá-los para produzir H2 (ver secção 30). A secreção insuficiente e outras causas de má absorção de hidratos de carbono devem ser consideradas.
CH4 é produzida pelo metabolismo de substâncias endógenas por bactérias no cólon. A taxa de produção de CH4 é apenas marginalmente afectada pela ingestão de alimentos. Algumas pessoas excretam grandes quantidades de CH4 continuamente, enquanto outras produzem pouco ou nenhum gás, na sua maioria familiar, na infância, e para toda a vida.
CO2 também pode ser produzido pelo metabolismo bacteriano, mas uma das suas fontes mais importantes é a reacção do HCO-3 com H+, que liberta 22,4 ml de CO2 por 1 mg equivalente de HCO-3. Os iões de hidrogénio podem vir endogenamente do ácido clorídrico no estômago ou exógenos de ácidos gordos libertados durante a digestão da gordura, o que por vezes equivale a centenas de mg equivalentes de iões de hidrogénio. Teoricamente, até 4 L de CO2 podem ser libertados para o duodeno após uma única refeição. Os produtos ácidos libertados no cólon por fermentação bacteriana de hidratos de carbono não absorvidos também podem reagir com HCO-3 e produzir CO2. Embora o inchaço possa ocasionalmente ocorrer, a rápida absorção de CO2 na corrente sanguínea impede uma flatulência intolerável.
A direcção da dispersão de gás entre a luz intestinal e o sangue depende da diferença de pressão parcial entre os dois. A produção de H2, CH4 e CO2 reduz a pressão parcial de nitrogénio no lúmen intestinal de modo a que seja muito inferior à do sangue, o que explica a elevada quantidade de nitrogénio no lúmen intestinal.