A ocorrência de malformações no embrião após a ação de factores teratogénicos depende não só da natureza dos factores teratogénicos e das características genéticas do embrião, mas também do estádio de desenvolvimento do embrião no momento da ação dos factores teratogénicos. A primeira fase refere-se a 1 a 2 semanas (17 dias) após a fertilização (3 a 5 semanas após o último período menstrual), quando as células do embrião são totipotentes e ainda não diferenciadas, e se a ação dos factores teratogénicos for ligeira, o embrião sobreviverá normalmente, mas se for grave, todo o embrião ou a maioria das células podem ser danificados, resultando em morte ou aborto espontâneo. A segunda fase refere-se à 3ª a 8ª semana (17-57 dias) após a fertilização (5-10 semanas após o último período menstrual), quando as células do embrião estão diferenciadas e são altamente sensíveis a factores teratogénicos, também conhecidos como a fase sensível ao embrião, que é propensa à teratogenicidade. A terceira fase vai do início da 9ª semana após a fertilização (11 semanas após o último período menstrual) até ao parto, altura em que as funções fetais se encontram, na sua maioria, comprometidas devido a factores adversos e são menos teratogénicas. No entanto, o sistema nervoso central e os órgãos sexuais demoram mais tempo a diferenciar-se e a desenvolver-se, permanecendo sensíveis a factores teratogénicos até ao final da gravidez.