A gastroscopia é um dos métodos de exame mais precisos e geralmente mais seguros. No entanto, a gastroscopia é um teste invasivo, que pode causar desconforto se a garganta for esfregada durante o teste, como por exemplo se tiver laringite. Com o desenvolvimento e aperfeiçoamento da tecnologia da gastroscopia, desde que seja feita correctamente, normalmente não é demasiado prejudicial e não há necessidade de se preocupar demasiado. Contudo, durante a gastroscopia, especialmente quando o tubo estomacal entra na garganta, pode causar náuseas, vómitos secos e dor, e alguns pacientes podem sentir-se particularmente desconfortáveis, e quanto mais nervosos estiverem em relação ao vómito, mais provável é que sofram abrasões nas mucosas. Vómitos vigorosos podem também causar rasgamento da mucosa cardiaca e até hemorragia. Isto é também uma desvantagem da gastroscopia, bem como o facto de o processo de fazer uma biopsia poder causar uma pequena quantidade de hemorragia no estômago. Se houver uma lesão grave pré-existente, a injecção de gás durante a gastroscopia pode levar a uma perfuração. Com o desenvolvimento da tecnologia médica, a gastroscopia indolor e a endoscopia em cápsulas são amplamente utilizadas, que não só são mais precisas e em grande parte indolores, como são mais caras, para que os pacientes possam escolher o equipamento que corresponda às suas necessidades. Embora a gastroscopia possa causar alguns danos, ainda é importante fazer o teste, e só com uma boa cooperação com o médico é que se pode recuperar um corpo saudável.