Durante o período de janela do VIH, também podem ocorrer alterações no hemograma do doente. Estas alterações são principalmente devidas a danos agudos no sistema imunitário causados pela replicação do VIH no sangue. Estas alterações são geralmente de curta duração e podem voltar ao normal dentro de 1-3 semanas. Por conseguinte, não é possível determinar se um doente está infectado com o VIH através de alterações no hemograma. Para determinar se um doente está infectado com o VIH, o diagnóstico pode ser confirmado através da verificação do antigénio HIV-RNA e P24 durante a fase aguda, também conhecida como a fase de janela. O VIH-RNA pode ser detectado no sangue 7 a 10 dias após a infecção pelo VIH.