Os doentes com SIDA entram na fase avançada da doença, e como o vírus continua a replicar-se, a sua função imunitária é muito baixa durante este período, e a sua contagem de CD4 e linfócitos T é muito baixa. Os doentes com esta condição são muito propensos a infecções oportunistas e tumores malignos. Os doentes podem apresentar febre, suores nocturnos, diarreia com duração superior a um mês, perda de peso superior a 10%, e gânglios linfáticos inchados em várias partes do corpo. Os doentes podem desenvolver pneumonia por Pneumocystis, meningite criptocócica, encefalopatia toxoplasmática, esofagite por Candida albicans, herpes zoster, retinite de células gigantes, linfoma maligno, sarcoma de Kaposi, etc. A maioria dos doentes acaba por morrer devido a estas infecções oportunistas e malignas.