A enterite aguda em bebés pode apresentar náuseas, vómitos, dor abdominal, diarreia, febre corporal, e aumento da frequência das fezes. O sistema digestivo do bebé não está particularmente bem desenvolvido, e uma vez que ele ou ela não presta atenção à dieta, por exemplo, ao acumular alimentos, ou ao comer alimentos podres ou estragados, o ataque de enterite aguda pode ser desencadeado. Durante um ataque de enterite aguda, a pressão na cavidade intestinal é elevada e, por conseguinte, afecta o esvaziamento dos alimentos do estômago, e muitas pessoas sofrem de náuseas e vómitos. Devido à inflamação nos intestinos, os músculos lisos dos intestinos contraem-se espasmodicamente, causando dor e excreção rápida do conteúdo intestinal, o que pode levar a diarreia. Durante o início da enterite aguda, o sistema imunitário do bebé é também afectado, e muitos bebés têm febre durante a doença. Durante a doença, o número de movimentos intestinais aumenta, e em casos graves, o bebé pode passar fezes mais de uma dúzia de vezes por dia.