Os sinais clínicos da mucosite peri-implantar incluem: 1. congestão, vermelhidão ou hiperplasia da gengiva marginal, embora estas características por vezes não sejam óbvias; 2. sondagem ligeira que leva a hemorragia e/ou derrame de pus; 3. aumento da profundidade de sondagem, com a sonda a poder penetrar no sulco gengival peri-implantar por mais de 3 mm, se não estiver obstruída; 4. normalmente sem dor significativa. A peri-implantite, para além dos sintomas de mucosite peri-implantar, é acompanhada de reabsorção óssea, com um defeito ósseo típico em forma de cratera que rodeia o implante e é bem definido. As radiografias padrão mostram uma área translúcida hipointensa em forma de V no centro proximal e distal. Como a osteointegração da área apical à lesão está intacta, o implante pode não apresentar quaisquer sinais de afrouxamento. O afrouxamento do implante e as radiografias que mostram áreas translúcidas à volta do implante indicam uma perda completa da osteointegração e são um sinal de fracasso total do implante dentário. O aumento da profundidade de sondagem clínica, a hemorragia à sondagem (BOP) ou a perda óssea peri-implantar, por si só, não são suficientes para apoiar um diagnóstico de peri-implantite. A peri-implantite nem sempre está presente em locais com uma profundidade de sondagem superior a 3 mm. O tipo (forma) do implante, o componente de fixação (método) e a superestrutura da restauração influenciam a estrutura do tecido peri-implantar. Para criar uma papila gengival durante a formação de tecido mole na área estética, a distância entre o ombro do implante e a margem gengival pode ser de até 5 mm e a profundidade de sondagem pode ser de até 5 mm. A reabsorção óssea também pode ser causada pelo facto de os implantes serem enterrados demasiado fundo ou por serem colocados demasiado perto uns dos outros. Com implantes mais profundos, pode ocorrer tanto mucosite como remodelação óssea marginal, que pode ser incorretamente diagnosticada como peri-implantite e pode ser difícil de identificar clinicamente, pelo que a prevalência de peri-implantite pode ser sobrestimada em alguns estudos.