Há muitas causas de incontinência fecal, incluindo distúrbios digestivos como obstipação, colite ulcerosa, doença de Crohn, diarreia causada por certas doenças infecciosas intestinais, doenças crónicas como demência, esclerose múltipla, doença de Parkinson, AVC, distúrbios neurológicos como diabetes tipo 2, e danos músculo-neuronais causados por parto transvaginal, cirurgia colorectal, etc.