O tratamento para quistos cerebrais inclui tratamento conservador e cirúrgico.
O tratamento conservador envolve fisioterapia para melhorar os sintomas neurológicos do paciente, medicação para controlar a epilepsia induzida pelo cisto e revisão regular do cisto para progressão por TC e ressonância magnética (MRI).
O tratamento cirúrgico inclui craniectomia para lesões epilépticas, craniectomia e cistotomia, shunt cisto-abdominal e aberturas guiadas neurológicas endodônticas.