Actualmente, os principais métodos de tratamento dos quistos cerebrais são o tratamento conservador e a cirurgia, e nem todos os quistos cerebrais requerem craniotomia.
Os médicos precisam de fazer um diagnóstico específico e um plano de tratamento após uma avaliação abrangente e julgamento baseado na localização e tamanho do quisto do paciente, nas manifestações clínicas associadas ao quisto e na resposta à medicação e outros factores.