O tratamento para quistos cerebrais inclui tratamento conservador e cirúrgico.
O tratamento conservador envolve fisioterapia para melhorar os sintomas neurológicos do paciente, medicação para controlar a epilepsia induzida pelo cisto, e revisão regular do cisto para progressão através de TC e ressonância magnética (MRI).
O tratamento cirúrgico inclui craniotomia para lesões epilépticas, craniotomia para quistos e janelas, shunts cisto-abdominais e janelas guiadas neurológicas endodônticas.