Em geral, os doentes com trombocitemia primária podem sobreviver durante muito tempo, mas na minoria dos doentes com co-morbilidades ou transformação da doença, a sobrevivência é encurtada em conformidade. O prognóstico da trombocitemia primária, que é uma doença neoplásica crónica, é maioritariamente bom. Sem complicações como tromboembolismo ou hemorragia, a maioria dos doentes sobrevive durante muito tempo com tratamento adequado e a sua sobrevivência não difere significativamente da de pessoas sem a doença. No entanto, cerca de 10% dos doentes podem converter-se em mielofibrose ou leucemia ao fim de 10 ou 20 anos, caso em que a sobrevivência do doente será correspondentemente mais curta, especialmente no caso dos que se convertem em leucemia aguda, podendo sobreviver apenas 3-6 meses. É importante procurar um tratamento rápido e normalizado no departamento de hematologia do hospital e monitorizar as alterações das plaquetas para manter a contagem de plaquetas dentro dos limites normais, de modo a evitar complicações como coágulos sanguíneos ou hemorragias.