Como órgão imunitário do corpo, as amígdalas podem inflamar-se quando atacadas por agentes patogénicos, tais como vírus ou bactérias. Para populações especiais como os doentes com SIDA, estas infecções são mais susceptíveis de ocorrer devido às deficiências do seu sistema imunitário. Quando existe uma infecção viral que provoca a inflamação das amígdalas, pode-se usar medicamentos antivirais de largo espectro, tais como ribavirina para o tratamento antiviral, bem como tratamento sintomático com medicamentos para aliviar sintomas faríngeos, e comprimidos para aliviar sintomas de dor de garganta, e prestar atenção a mais repouso, que normalmente pode ser curado. Além disso, para as amigdalites combinadas com infecções bacterianas, como as amigdalites purulentas, pode-se usar penicilina ou tratamento anti-infeccioso de cefalosporina de primeira geração. O tratamento sintomático é semelhante ao tratamento da amigdalite em caso de infecção viral, que se baseia em aliviar a dor de garganta e prestar atenção ao repouso e a uma dieta leve.