Com o desenvolvimento da FIV, os defeitos de nascença nos descendentes tornaram-se uma grande preocupação, e em 2002 um estudo australiano descobriu que a taxa de defeitos de nascença em bebés nascidos com esta técnica era duas vezes superior à das gravidezes naturais, principalmente sob a forma de um aumento da incidência de anomalias do tubo neural e deslocamentos de grandes vasos. Os países europeus e americanos encontraram uma incidência significativamente mais elevada de baixo e muito baixo peso à nascença, desenvolvimento neurológico anormal e malformações congénitas na sua descendência. A tecnologia FIV tem implicações de grande alcance para a epigenética fetal alterada. A técnica de injecção intracitoplasmática de esperma único, em particular, pode até causar transmissão intergeracional da doença, afectando as gónadas da descendência A maioria dos casais inférteis não são absolutamente inférteis, mas são relativamente inférteis no grupo de baixa fertilidade, com cerca de 80 a 90% da população a conseguir obter a sua própria descendência com tratamento geral. Apenas 5% a 10% da população necessita de recorrer a técnicas de FIV. Tendo em conta os efeitos adversos das técnicas de reprodução assistida sobre a descendência, é aconselhável que os casais inférteis escolham, na medida do possível, a gravidez natural, uma vez que é a melhor opção, uma vez que está em conformidade com as leis da fisiologia e da natureza, sem os efeitos da cultura in vitro e com um impacto mínimo sobre a descendência. Apenas os casais incapazes de conceber naturalmente podem escolher a tecnologia reprodutiva assistida para produzir a próxima geração. Não deve escolher cegamente a tecnologia FIV, caso contrário só satisfará temporariamente o seu sonho de ter um bebé e arrepender-se-á para o resto da sua vida.