A diarreia fisiológica é um processo fisiológico natural causado pela intolerância à lactose em crianças devido à presença de substâncias no leite materno que inibem a actividade da lactase, causando assim diarreia. Este tipo de crianças, se podem comer, beber e cultivar carne, não necessitam de medicação, mas se a diarreia é agravada pelo frio ou demasiados alimentos, ou mesmo pela fome, podem ser tratadas com protectores da mucosa gastrointestinal ou com medicamentos que regulam a flora intestinal. Para crianças com diarreia óbvia e um grande número de diarreias pode ser mudada para uma fórmula sem lactose. No entanto, se a diarreia for leve, recomenda-se que se continue a amamentar, e o zinco e os oligoelementos podem ser suplementados adequadamente.