A prevenção da disenteria bacilar tóxica inclui a gestão da fonte de infecção, o corte da via de transmissão e a protecção das populações susceptíveis.
A gestão da fonte da infecção consiste principalmente em gerir e tratar exaustivamente os pacientes com disenteria aguda e crónica, bem como os portadores, a fim de os impedir de propagar o patogénico.
Em termos de cortar a via de transmissão, o principal objectivo é manter uma boa higiene, lavar as mãos regularmente, prestar atenção à higiene alimentar e ao controlo das moscas para reduzir o vector de transmissão.
Para protecção das pessoas susceptíveis, a imunidade é actualmente estabelecida na China através de vacinação oral viva, mas não há protecção cruzada entre diferentes tipos de Shigella, e as infecções recorrentes ou repetidas são desejáveis.