O tratamento da disenteria tóxica divide-se em tratamento sintomático e causal, com tratamento sintomático incluindo o arrefecimento, geralmente físico e, se necessário, farmacológico. O tratamento alopático inclui o uso adequado de antibióticos.
Para pacientes em choque, o principal tratamento é expandir o volume sanguíneo e corrigir a acidose com glicose salina, melhorar as perturbações microcirculatórias e proteger os órgãos vitais com drogas vasoativas e anticoagulação com heparina, etc. Para doentes cerebrais, o manitol é utilizado para reduzir o edema cerebral e as drogas vasoativas são utilizadas para melhorar a microcirculação cerebral, enquanto a insuficiência respiratória é prevenida com estimulantes respiratórios ou ventilação mecânica.
O principal tratamento para a causa é a terapia antimicrobiana, utilizando principalmente cefalosporinas de terceira geração e quinolonas.