A pneumonia não é tratada apenas pela nebulização, que serve apenas para humedecer as vias respiratórias e promover a descarga da expectoração. Clinicamente, uma vez diagnosticada a pneumonia, o tratamento direccionado deve ser feito de acordo com os organismos causadores. Os agentes causadores comuns da pneumonia incluem bactérias, vírus, agentes patogénicos atípicos, bactérias incluindo Streptococcus pneumoniae, Klebsiella pneumoniae, Staphylococcus aureus, etc. Os vírus incluem vírus da gripe A, vírus da gripe B, vírus da gripe C, etc. As bactérias patogénicas atípicas incluem infecções por micoplasma, infecções por clamídia, infecções bacterianas precisam de ser tratadas com antibióticos, infecções virais precisam de ser tratadas com medicamentos antivirais, infecções bacterianas patogénicas atípicas precisam de ser tratadas com antibióticos macrolídeos, ou antibióticos de quinolonas.