O congelamento com nitrogénio líquido ou dióxido de carbono causa necrose do tecido da verruga (ou seja, danos localizados na pele). O condiloma acuminatum é uma proliferação benigna da membrana mucosa da pele devido à infecção pelo vírus do condiloma acuminatum. Tem um grande número de pequenos vasos sanguíneos e prolifera rapidamente. A utilização do congelamento provoca a formação de gelo dentro da verruga, criando um elevado grau de edema localizado do tecido e destruindo assim a verruga. A grande vantagem da crioterapia é que não deixa marcas locais e tem uma taxa de cura de cerca de 70%, mas a taxa de recorrência é elevada. Durante o tratamento pode sentir-se vermelhidão local, inchaço, dor e bolhas. Pode ser feito por spray ou contacto directo e é adequado para verrugas planas e pequenas. É normalmente congelado uma vez por semana durante 2 a 3 vezes.