Nos homens, as verrugas que crescem no exterior do pénis ou na uretra são relativamente fáceis de detectar e podem ser removidas seguindo o tratamento de verrugas na pele. Os doentes com verrugas dentro da uretra, por outro lado, são geralmente diagnosticados devido a uma micção dolorosa. Estes pacientes visitarão frequentemente um urologista que assistirá o dermatologista no diagnóstico e subsequente tratamento através de um exame uretroscópico. Nas mulheres, as verrugas que crescem fora da vagina, em áreas como os lábios, a uretra e o períneo, podem normalmente ser tratadas por um dermatologista. Contudo, se o crescimento for mais profundo, como na parede vaginal ou na abertura cervical, um ginecologista terá de ser consultado. Também, as verrugas que crescem no períneo precisam de ser distinguidas dos pseudoacantomas. É importante notar que existe uma possibilidade de falsos positivos no exame patológico. Portanto, o diagnóstico de condiloma acuminado requer uma combinação de sintomas, patologia, amplificação por PCR e também a história médica apropriada e a morbilidade do parceiro. Por outras palavras, um resultado positivo no teste não significa necessariamente que se tenha condiloma acuminado. O tratamento das verrugas nas mulheres não é diferente quando as verrugas estão fora da vagina. Contudo, quando as verrugas estão nas paredes da vagina ou no colo do útero, o tratamento com medicação tópica é mais eficaz. É mais seguro utilizar um dilatador vaginal para abrir a vagina e aplicar medicamentos como ácido tricloroacético e tintura de demodex. A crioterapia e a laserterapia, por outro lado, podem penetrar facilmente no colo do útero e causar novos danos ao paciente quando tratados demasiado profundamente. Portanto, a crioterapia, terapia laser ou terapia fotodinâmica só será considerada quando a medicação continuada tiver falhado. Além disso, quando um cônjuge tem verrugas visíveis a olho nu, recomendo que o outro cônjuge seja idealmente testado com amplificação PCR. Isto porque existe uma maior probabilidade de uma potencial infecção no outro parceiro. O tratamento unilateral é susceptível de resultar em verrugas recorrentes, que podem ser psicológica e financeiramente tributárias para ambos os parceiros.