O diagnóstico do condiloma acuminado não é geralmente difícil com base nas características da erupção cutânea, o local de início e desenvolvimento combinado com um historial de possível contacto. A infecção subclínica pode ocorrer sozinha ou em conjunto com lesões típicas e pode ser confirmada com um teste de acetato branco ou teste de toluidina azul. Para infecções latentes, a hibridação in situ ou a reacção em cadeia da polimerase (PCR) pode ser utilizada para confirmar. (1) Líquen plano: pápulas planas e húmidas, frequentemente fundidas, com uma base não cultivada, onde se podem encontrar espiroquetas de sífilis, e serologicamente positivas para a sífilis. (2) Verrugas pseudovaginais femininas: também conhecidas como pápulas femininas semelhantes ao condiloma acuminado, vistas na sua maioria em adultos jovens. A erupção cutânea localiza-se no lado interior dos lábios minora de ambos os lados, e é um aglomerado de pápulas não fusíveis de peixe-roe ou polipoides que são granulares ou macias ao toque, vermelho claro e húmidas. (3) Pápulas peroladas penianas: vistas principalmente em adultos jovens, são pápulas translúcidas peroladas no sulco coronal, brancas, amareladas ou vermelhas, em forma de cone, globulares ou irregulares, dispostas em uma ou várias filas ao longo do sulco coronal, ou mesmo enroladas em círculo, sem sintomas óbvios. (4) Papulose tipo Bowen: a erupção cutânea consiste frequentemente em pápulas pigmentadas múltiplas, ou pode aparecer isoladamente, dispersas ou agrupadas, dispostas em linhas ou anéis, e pode fundir-se para formar placas, desenvolvendo-se lentamente (meses ou anos), como carcinoma escamoso in situ, ou de condiloma acuminado. A doença é ligeiramente mais comum nas mulheres, e a sua distribuição é principalmente nos lábia majora e minora e na área perianal. (5) Glândulas sebáceas ectópicas: as pápulas estão dentro da mucosa, não se sobrepõem e são na sua maioria de cor amarelada. (6) Hiperplasia das glândulas sebáceas: pápulas amareladas, não pontiagudas, não espinhosas, não sobrepostas, não influentes. (7) Hiperplasia da glândula parapapilar: pápulas cor de pele ou vermelho pálido dispostas aos pares em ambos os lados do ligamento prepúcio, algumas com uma superfície ligeiramente espinhosa visível. As pápulas não são estreitas na base, são de tamanho de painço ou cabeça de alfinete e não têm sintomas óbvios de auto-consciência.