A aflatoxina é uma das substâncias químicas mais cancerígenas conhecidas e foi classificada como cancerígena do Grupo 1 pela Agência da Organização Mundial de Saúde (OMS) para a Investigação do Cancro em 1993. A aflatoxina pode sofrer uma mutação do códon 249 do gene supressor do tumor TP53, uma mutação raramente observada em cancros que não o carcinoma hepatocelular, pelo que está fortemente associada ao desenvolvimento do cancro do fígado.
Além disso, as aflatoxinas sinergizam com a infecção pelo vírus da hepatite B, aumentando assim o risco de cancro do fígado. Estudos recentes mostraram que a presença de aflatoxina na dieta também pode aumentar o risco de cancro da vesícula biliar.