A probabilidade de sequelas da encefalopatia hipóxico-isquémica neonatal é de cerca de 20-30%, e o seu prognóstico está relacionado com a pontuação de Apgar e a gravidade da doença. A incidência da encefalopatia hipóxico-isquémica neonatal na China é de 3 a 6 por mil, dos quais 15 a 20 por cento morrem no período neonatal. Entre os sobreviventes, cerca de 20%~30% podem ficar com diferentes graus de sequelas neurológicas, como perturbações do desenvolvimento motor ou intelectual, paralisia cerebral, epilepsia, etc. O prognóstico está relacionado com o índice de Apgar, a gravidade da doença e o facto de a reanimação ter sido correcta e atempada, etc. Os sobreviventes com índices de Apgar inferiores ou iguais a 3 e que persistem durante 15 minutos ou mais, convulsões, perturbações da consciência, sintomas do tronco cerebral que duram mais de uma semana e anomalias persistentes no EEG têm uma elevada taxa de mortalidade, e os sobreviventes sofrem frequentemente de vários graus de sequelas. Recomenda-se uma reabilitação precoce após a estabilização.