Se a prostatite crónica for considerada uma infecção por micoplasma ou clamídia, este é o momento de tomar azitromicina oral ou outros medicamentos sensíveis ao micoplasma ou à clamídia. Ao tratar isto, devido à longa meia-vida da azitromicina, pode usar o método de usar 3 dias e parar durante 4 dias. A primeira dose de azitromicina pode ser duplicada para 0,5g/dia, e pode tomar até 1g no 1º dia, 0,5g no 2º dia, e depois 0,5g no 3º dia, e depois parar durante 4 dias, e depois continuar com o último processo de medicação, se necessário. Alguns doentes podem precisar de tomar o medicamento durante um mês, caso em que se recomenda um teste de função hepática, visto que a azitromicina pode ser prejudicial para o fígado.