O baixo fluxo menstrual pode ser causado por duas condições gerais: danos no endométrio e menstruação anovulatória. Ambas estas condições podem causar infertilidade. As causas dos danos endometriais são variadas e normalmente incluem: inflamação do endométrio, danos mecânicos após operações uterinas, tais como aborto, resultando em cicatrizes e aderências endometriais, e tuberculose endometrial. A camada endometrial é dividida numa camada funcional e numa camada basal. Durante o ciclo feminino, a camada funcional prolifera, segrega e desprende sob a acção de hormonas, enquanto a camada basal é capaz de gerar uma nova camada funcional e reparar o trauma do desprendimento da camada funcional; esta mudança cíclica é a chave para o sucesso da implantação e desenvolvimento embrionário. Uma espessura endometrial mínima de 7-8mm no momento do desenvolvimento folicular é um pré-requisito para a implantação normal do embrião; abaixo de 6mm, a probabilidade de gravidez é extremamente baixa. Operações uterinas tais como aborto, hemorragia pós-parto e curetagem causam frequentemente danos mecânicos na camada basal, combinados com múltiplas infecções retrógradas da cavidade uterina com bactérias do tracto reprodutivo resistentes à terapia antibiótica convencional; isto resulta frequentemente numa regeneração deficiente das células epiteliais e mesenquimais, neovascularização danificada, perda de actividade endometrial, falta de cobertura endometrial do miométrio, fibrose endometrial e aderências às paredes anterior e posterior da cavidade uterina, ou não regeneração persistente do endométrio. O endométrio não se regenera. As manifestações clínicas são principalmente perturbações menstruais, fluxo menstrual reduzido e mesmo amenorreia, levando a dificuldades na implantação do embrião e infertilidade. A histeroscopia pode confirmar isto, e se houver danos orgânicos no revestimento, é necessário um exame histeroscópico e tratamento. A ovulação normal é um factor importante na manutenção do ciclo menstrual, mas existe também a menstruação anovulatória, que se caracteriza pela ausência de ovulação apesar de um ciclo menstrual normal. Para determinar se a ovulação está a ocorrer, a temperatura corporal basal, a monitorização por ultra-sons do desenvolvimento folicular e a monitorização do nível hormonal são clinicamente indicados. Se a ausência de ovulação for confirmada, então a terapia de promoção da ovulação é necessária. Todos os pacientes de infertilidade com baixo fluxo menstrual precisam de ter estes dois factores em plena consideração e ser tratados em conformidade.