Os medicamentos anti-HIV têm certos efeitos secundários. Os actuais regimes preferidos para o tratamento anti-HIV são lamivudina, tenofovir, e efavirenz. A lamivudina é relativamente segura e não tem efeitos secundários tóxicos significativos. Os doentes com tenofovir a longo prazo são propensos a metabolismo anormal do cálcio e do fósforo, perda de cálcio, e danos tubulares renais. O Efavirenz é propenso a algumas manifestações neurológicas, tais como sono excessivo e alucinações. A utilização a longo prazo pode também resultar em erupções cutâneas e funções hepáticas anormais, especialmente nas fases iniciais. Portanto, durante o tratamento anti-HIV, é necessária uma revisão regular da função hepática e renal, e o aparecimento de sintomas clínicos óbvios ou efeitos secundários tóxicos requer um tratamento sistemático e padronizado no departamento local de doenças infecciosas.