O diagnóstico diferencial da disfagia não é um diagnóstico diferencial por sintomas, mas por aquilo que causa a doença ou por como determinar a causa da disfagia. Os tipos mais comuns de disfagia incluem AVC, doenças neuromusculares e cancros ou oclusões da cavidade oral, faringe ou esôfago, bem como doenças mais comuns tais como inflamação do esôfago e inflamação da cavidade oral. A maioria dos pacientes com disfagia causada por cancro do esófago não tem disfagia nas fases iniciais, mas nas fases intermédias, pode ocorrer disfagia progressiva. Se a disfagia progressiva estiver presente, a presença de cancro do esófago ou outros tipos de doença deve ser considerada. O espasmo da cárdia, que também é um tipo de disfagia, é um início tardio dos sintomas e tem muito a ver com o estado de espírito ou humor do paciente.