O tratamento para pacientes com pénis curto baseia-se principalmente na causa da doença.
Se o pénis curto for causado por níveis anormais de hormonas no corpo, pode ser utilizada medicação para regular a situação hormonal do doente para promover novamente o desenvolvimento do pénis curto a níveis normais. Nos casos em que a medicação não é eficaz após a puberdade, ou quando existe uma combinação de outras deformidades penianas, pode ser considerado o tratamento cirúrgico, principalmente o alongamento do pénis.