O pénis curto pode ter um grande impacto no desenvolvimento psicológico do paciente, especialmente na adolescência, resultando em baixa auto-estima e depressão, o que a longo prazo pode levar a sérios distúrbios psicológicos, tais como baixa estima sexual e apatia sexual. Para os homens casados, o pénis curto afectará a qualidade da vida conjugal, o que por sua vez afecta a harmonia familiar, enquanto alguns pacientes com pénis curto serão acompanhados de esterilidade, afectando a reprodução da próxima geração.