As mulheres que têm períodos irregulares, amenorreia, ou sinais de pré-eclâmpsia após a gravidez podem tomar comprimidos de progesterona para regulação e tratamento. Contudo, todos os medicamentos têm certos efeitos secundários, e os comprimidos de progesterona não são excepção. Os seus efeitos secundários incluem hemorragia vaginal irregular, aumento de peso, aumento de corrimento cervical ou lesões epiteliais escamosas cervicais, tonturas, dores de cabeça, náuseas, insónia, cloasma, danos na função hepática e renal, pigmentação local da pele e muitos outros efeitos secundários. Embora a progesterona seja um progestagénio natural produzido pelos ovários, há muitas razões pelas quais a produção de progesterona pode ser inadequada. A baixa progesterona pode causar baixo fluxo menstrual, amenorreia e ciclo menstrual prolongado durante o período não grávida, mas isto pode ser efectivamente reduzido através da ingestão de comprimidos de progesterona. Se a progesterona for baixa após a gravidez, pode levar a consequências graves, tais como pré-eclâmpsia e paragem embrionária, pelo que também pode tomar comprimidos de progesterona para proteger o seu bebé, mas é importante testar regularmente o seu nível de progesterona enquanto estiver a tomar a medicação.