Até agora, os efeitos secundários mais comuns da vacina contra o cancro do colo do útero são vermelhidão localizada, inchaço e dor após a injecção, e em casos graves, febre e vómitos após a vacinação, e mesmo tonturas e fraqueza muscular. Os tipos de vacinas contra o cancro do colo do útero são divididos em vacinas bivalentes, quadrivalentes e novevalentes. As três vacinas só são adequadas para diferentes grupos etários porque visam diferentes tipos de HPV. No entanto, independentemente do tipo de vacina contra o cancro do colo do útero utilizada, os efeitos secundários que ocorrem após a vacinação são na realidade particularmente raros, excepto que, após a vacinação, pode haver vermelhidão e dor na área de vacinação, que na realidade é basicamente a mesma que os efeitos secundários após a vacinação normal. Apenas em países estrangeiros ocorrem sintomas tais como febre, vómitos, tonturas da cabeça e dos olhos, e fraqueza muscular após a vacinação, mas existem apenas alguns casos disto, actualmente. Ainda não ocorreu na China, pelo que os efeitos secundários da vacina contra o cancro do colo do útero são na realidade excepcionalmente pequenos. Por conseguinte, para as mulheres que necessitam da vacina contra o cancro do colo do útero, podem geralmente considerar a possibilidade de a terem e não têm de se preocupar com os efeitos secundários da vacina contra o cancro do colo do útero, causando fenómenos adversos graves. Contudo, para as mulheres sexualmente activas, não é necessário um teste de HPV para confirmar o diagnóstico antes de receber a vacina contra o cancro do colo do útero, e a vacinação também pode ser administrada a mulheres que já têm a infecção por HPV.