O prognóstico da enterocolite varia em função da causa. Alguns casos de enterite podem melhorar sem medicação, tais como a enterite causada por infecções virais. Algumas pessoas com constipações podem desenvolver dor e diarreia abdominal, e os sintomas estão frequentemente relacionados com o vírus do frio, que pode curar por si só com repouso e jejum temporário. A maioria das causas de enterite estão relacionadas com infecções bacterianas, infecções micobacterianas e auto-imunidade, e têm um curso mais longo, prognóstico relativamente pobre, e são difíceis de curar por si sós sem medicação. A enterite causada por infecções bacterianas requer a administração imediata de medicamentos anti-infecciosos. Para infecções micobacterianas, é necessário um tratamento antifúngico. As anomalias auto-imunes causadas por enterite, necessitam de aplicar imunossupressores hormonais e outros medicamentos, algumas tuberculose raras causadas por enterite, necessitam de tratamento anti-tuberculose. Diferentes tipos de enterite devido a diferentes causas requerem diferentes medidas de tratamento. Se ocorrer enterite, recomenda-se que se dirija activamente a um hospital regular para um exame mais aprofundado para esclarecer a causa, após o qual são tomadas as medidas de tratamento adequadas.