Não há certeza de que uma infecção oral anaeróbica seja curada por medicação, pode demorar menos de 1 semana a mostrar resultados significativos ou pode ser prolongada. Como as infecções anaeróbias orais são um conceito muito geral, existem muitos tipos de infecções orais que podem ter infecções anaeróbias orais. Por exemplo, cárie, pulpite, doença periapical e outras doenças dos tecidos duros dos dentes, bem como doenças periodontais, incluindo infecções anaeróbias e mau hálito causadas por periodontite, todas têm infecções bacterianas anaeróbias. O tratamento de muitas destas doenças não pode ser resolvido apenas com a medicação. Para cáries, periapicais e pulpites, é normalmente necessário ir a um dentista especializado para remover as áreas deterioradas e realizar o tratamento de canal radicular na polpa. No caso de periodontite, é necessário recorrer a um departamento especializado em estomatologia para a escalada supra e sub-gengival, juntamente com a aplicação de medicamentos, a fim de se obter um melhor efeito de tratamento.