A escolha de medicamentos para a diarreia está intimamente relacionada com a causa da diarreia que a provoca.
O tratamento varia dependendo da causa, e há uma série de testes que devem ser feitos primeiro ao paciente para esclarecer a causa.
A diarreia causada por uma infecção bacteriana é tratada com antibióticos, como a levofloxacina.
A diarreia causada por uma infecção viral, que é normalmente auto-limitada e é tratada com modificações dietéticas e reidratação.
No caso de infecções protozoárias, como a disenteria amebica, é indicado o tratamento com metronidazol.
Todos os medicamentos acima mencionados devem ser utilizados sob supervisão especializada.