A etiologia da síndrome da dor abdominal funcional é diversa e raramente a mesma de paciente para paciente. O aparecimento da síndrome da dor abdominal funcional deve-se principalmente a diferentes causas de disfunção do eixo cérebro-gastrointestinal, o que resulta em dor abdominal. Os primeiros eventos adversos da vida e o stress psicossocial também tendem a levar à produção de dor. Factores genéticos, sensibilidades do organismo, e especialmente eventos stressantes, podem desencadear a síndrome da dor abdominal funcional. Os pacientes podem ter um historial de cirurgia abdominal, pânico, trauma e dismenorreia. A dor abdominal é causada por lesão do nervo periférico ou regulação anormal da dor pelo sistema nervoso central, normalmente associada à cirurgia abdominal ou lesão do nervo pélvico durante a gravidez e o parto. Além disso, o aumento da sensibilidade visceral é uma das alterações fisiopatológicas importantes nas perturbações gastrointestinais funcionais.