Um enorme projecto de caracterização genética de 10.000 tumores nos Estados Unidos chegou oficialmente ao fim. Iniciado em 2006 como um projecto-piloto de 100 milhões de dólares, o Atlas do Genoma do Cancro (TCGA) é agora o maior componente do Consórcio Internacional do Genoma do Cancro, um grupo de cientistas de 16 países que identificaram quase 10 milhões de mutações associadas ao cancro. A questão agora é o que fazer a seguir. Alguns investigadores querem continuar a concentrar-se na sequenciação; outros querem expandir o seu trabalho de modo a poderem explorar como as mutações já identificadas têm impacto na formação e desenvolvimento do cancro. Bruce Stillman, director do Cold Spring Harbor, N.Y., laboratório, disse: “A conclusão do TCGA declara um triunfo”. Ele disse, “Para um determinado cancro, haverá sempre novas mutações associadas a ele que são descobertas”. A questão é: qual é a relação custo-benefício?”. Stillman foi um dos primeiros defensores do projecto, embora alguns investigadores estivessem preocupados com o facto de que isso levaria a uma perda de fundos para financiar a investigação individual. O projecto, inicialmente previsto para três anos, acabou por se expandir para um projecto com mais de cinco anos. Em 2009, o TCGA recebeu mais 100 milhões de dólares dos Institutos Nacionais de Saúde (NIH) e 175 milhões de dólares de fundos de incentivo que tentavam estimular a economia dos EUA no meio de uma recessão global. Este projecto não correu inicialmente bem. A tecnologia de sequenciação na altura só podia visar tecidos frescos que tivessem sido rapidamente congelados. Contudo, a maioria das biópsias clínicas foram fixadas em parafina e manchadas por patologistas. Louis Staudt, director do Gabinete do Genoma do Cancro do Instituto Nacional do Cancro (NCI) em Bethesda, Maryland, observou que o custo de encontrar e pagar por amostras de tecido fresco era a maior despesa do projecto. Um outro problema é a complexidade dos dados. Embora algumas mutações possam contribuir para o desenvolvimento do cancro, juntamente com uma menor uniformidade entre tumores, a maioria das mutações formam um vertiginoso hodgepodge de anomalias genéticas. Os testes de drogas para mutações específicas conduzem frequentemente rapidamente a outro problema: os cancros frequentemente desenvolvem rapidamente resistência, o que é geralmente conseguido através da activação de diferentes genes e assim contornando os processos celulares bloqueados pelo tratamento. Universidade Johns Hopkins, Baltimore, Maryland Apesar destas dificuldades, quase todos os aspectos da investigação do cancro beneficiaram do TCGA, segundo Bert Vogelstein, geneticista do cancro na Universidade Johns Hopkins em Baltimore, Maryland. Utilizando os dados, os investigadores encontraram novas formas de classificar os tumores e descobriram alvos de medicamentos e carcinogéneos anteriormente não reconhecidos. Mas alguns investigadores acreditam que os resultados da sequenciação poderiam ainda fornecer mais informações. Em Janeiro do ano passado, uma análise estatística dos dados de mutação de 21 cancros mostrou que os investigadores ainda podiam potencialmente identificar mutações clinicamente úteis a partir dos resultados da sequenciação. A 2 de Dezembro do ano passado, Staudt anunciou que, uma vez concluído o TCGA, o NCI concentrar-se-á na sequenciação de três cancros – cancro do ovário, colorrectal e do pulmão. O instituto avaliará então os resultados deste trabalho adicional para decidir se devem ser acrescentados mais cancros à armada de sequenciação. Desta vez, contudo, a investigação será capaz de integrar informação clínica detalhada sobre o estado de saúde, história do tratamento e resposta ao tratamento de um paciente. Isto porque os investigadores têm agora acesso a amostras embebidas em parafina que podem extrair para dados de ensaios clínicos passados, enquanto estudam como as mutações afectam o prognóstico de um paciente e a resposta ao tratamento. Staudt disse que o NCI lançará uma iniciativa que apela à recolha de amostras sequenciais em ensaios clínicos utilizando os métodos e vias de análise estabelecidos pelo TCGA. Tom Hudson, director do Toronto Cancer Institute no Canadá, disse que o resto do trabalho do International Cancer Genome Consortium irá provavelmente seguir uma estratégia semelhante e que os planos para uma segunda ronda de projectos serão divulgados em Fevereiro deste ano.