Se a encefalite pediátrica é contagiosa ou não está relacionada com o tipo específico, uma vez que o seu âmbito é vasto e pode ser causada por uma variedade de agentes patogénicos tais como vírus, bactérias, fungos e parasitas. Por exemplo, a encefalite epidémica B é claramente contagiosa e é sobretudo transmitida de forma aguda através de picadas de mosquitos e contaminação cruzada entre crianças, mas com o uso de vacinas é agora menos comum; a meningite tuberculosa é transmitida principalmente através das vias respiratórias, e as crianças podem ser infectadas após inalação de gotículas ou pó com bactérias da tuberculose, enquanto outras como a transmissão através da pele ou placenta são raras.