Os sintomas mais comuns de gastroenterite aguda são diarreia frequente, acompanhada de dor abdominal, vómitos, desconforto estomacal e, em casos graves, febre e desidratação. Diarreia frequente ocorre como resultado de inflamação aguda da mucosa gastrointestinal, hipersecreção das glândulas e aumento da retenção de água no tracto intestinal. Pode aparecer como diarreia aquosa, ou como pus e muco, e pode haver resíduos alimentares não digeridos. Um exame de rotina às fezes pode revelar um grande número de glóbulos brancos e células de pus. Como resultado da inflamação bacteriana, os músculos lisos do intestino podem tornar-se espasmódicos e podem ocorrer cólicas gastrointestinais, que se podem manifestar clinicamente como dor abdominal paroxística, e dor abdominal e diarreia podem alternar. Devido à libertação de toxinas da infecção bacteriana, pode ocorrer toxicidade sistémica, que pode ser manifestada por náuseas e vómitos, bem como arrepios e febre, principalmente sob a forma de febre alta, que pode atingir uma temperatura alta num curto período de tempo. Devido aos frequentes vómitos e diarreias, o corpo pode apresentar sinais de desidratação, com volume de urina reduzido ou fechado, olhos profundamente afundados, pouca elasticidade da pele, pele fria e molhada, diminuição da pressão arterial, e se os sintomas de desidratação forem graves, pode ocorrer choque hipovolémico tóxico, exigindo pronta atenção médica. Em suma, os sintomas de gastroenterite aguda são relativamente fáceis de reconhecer e, uma vez identificados, é necessária uma atenção médica rápida.