Há muitas causas de diarreia, e a causa precisa de ser claramente identificada para um tratamento direccionado. Por conseguinte, as medidas de tratamento tomadas pelos médicos também irão variar e é impossível dizer exactamente qual é o melhor tratamento.
A diarreia aguda é principalmente causada por infecções auto-limitadas, e a grande maioria dos pacientes que não ficam desidratados pode recuperar com o tratamento dietético. Os doentes com desidratação ligeira e aqueles com diarreia sem evidência clínica de desidratação podem ser tratados com reidratação oral, conforme o caso, e o tratamento antidiarreico sintomático também pode ser utilizado, e se a diarreia for causada por uma infecção, é necessário o tratamento anti-infeccioso adequado. O mais importante para a diarreia crónica é esclarecer a causa, e os medicamentos antidiarreicos e analgésicos devem ser usados cautelosamente antes que a causa seja esclarecida, para evitar mascarar os sintomas e retardar a doença.