O único tratamento clínico para os quistos da fenda branquial é a remoção cirúrgica, mas a escolha depende do tamanho do quisto. A cirurgia do quisto da fenda branquial é principalmente escolhida para fazer a excisão, que pode remover diretamente o quisto aumentado. Este método é mais adequado para pacientes com quistos maiores e, se o quisto for relativamente pequeno, pode ser observado temporariamente sem tratamento especial. Se os pacientes com cisto de fenda branquial precisam fazer ressecção cirúrgica, deve ser ao longo da direção dos dermatoglifos para ressecção, para pacientes que formaram uma fístula, antes da cirurgia precisa fistulografia, limpar a gravidade da doença, depois de entender a condição e, em seguida, escolher a incisão transversal em forma de pique, o tubo craniano será completamente removido e, em seguida, expandir a ressecção, o que pode reduzir a taxa de recorrência. Após a cirurgia de cisto de fenda branquial, recomenda-se ir ao hospital regularmente para revisão. Se houver infeção e inflamação em um curto período de tempo, os antibióticos orais devem ser tomados conforme prescrito pelo médico para anti-inflamação, como cefixima, cefuroxima e assim por diante.