Os quistos das fendas branquiais podem ser cancerosos e não apresentam sintomas clínicos específicos, principalmente alterações histiocitomorfológicas, e os doentes com lesões metastáticas podem apresentar gânglios linfáticos aumentados. Os quistos das fendas branquiais pertencem a doenças congénitas, devido ao desenvolvimento de tecidos não degenerados das fendas branquiais, manifestando-se como uma massa no pescoço ou na área parotídea, sem sensibilidade e pressão, aumentando gradualmente de tamanho e suscetível a infeção. Os quistos das fendas branquiais podem tornar-se cancerosos, mas a possibilidade é pequena e tem de ser esclarecida através de um exame citológico por aspiração com agulha. Os quistos da fenda branquial que se tornam cancerosos apresentam sobretudo alterações histiocitomorfológicas e raramente têm manifestações clínicas típicas. Nos doentes com lesões metastáticas, pode ocorrer um aumento dos gânglios linfáticos. Os doentes com quistos da fenda branquial devem ser examinados atempadamente e, se ocorrer uma infeção, esta deve ser controlada antes do tratamento cirúrgico. A remoção cirúrgica dos quistos e das fístulas é atualmente considerada a melhor opção de tratamento. A cirurgia é realizada para remover a maior parte possível da área doente, juntamente com o tecido conjuntivo circundante e, se forem encontrados gânglios linfáticos aumentados, estes também são removidos. Se forem encontrados gânglios linfáticos suspeitos durante a cirurgia, a radioterapia pós-operatória deve ser complementada para evitar a propagação das células cancerígenas. O plano de tratamento específico deve ser determinado em conjunto com o diagnóstico e o parecer do especialista.