Existem muitos tipos diferentes de esofagite e a duração do tratamento varia um pouco, de 1-2 semanas a 6-8 semanas ou mesmo mais. O tipo mais comum de esofagite clínica é a esofagite de refluxo causada pela DRGE, para além de alguma esofagite micotrópica, ou esofagite por droga e queimadura química. O tempo necessário para tratar diferentes tipos de esofagite varia, e uma das mais difíceis de tratar clinicamente é a esofagite de refluxo. Geralmente a esofagite de refluxo tem um curso longo, uma tendência crónica e é propensa a recorrência. O PPI é recomendado por pelo menos 6-8 semanas em casos com erosões e pode ter de ser mantido por mais de 8 semanas em casos sem erosões. Na micose esofagite, o tratamento clínico requer medicação antifúngica, que geralmente dá bons resultados em cerca de 1-2 semanas. Na esofagite devido a lesão química, o grau de dano varia, assim como o curso do tratamento, que é também normalmente de cerca de 1-2 semanas na fase aguda. Portanto, a duração do tratamento varia para diferentes causas de esofagite e deve ser determinada por aconselhamento médico e exame endoscópico.