As novas infecções por coronavírus não resultam normalmente na inflamação das amígdalas. A amigdalite é uma infecção comum do tracto respiratório superior que pode ser causada por uma variedade de microrganismos patogénicos. As novas infecções por coronavírus, por outro lado, incluem portadores assintomáticos, pacientes com doença ligeira e aqueles com doença grave. Em portadores assintomáticos, o vírus só é detectável no tracto respiratório. Em doentes ligeiramente doentes, há apenas febre ligeira, tosse, calafrios e desconforto, e não há sinais de amigdalite. Em casos graves, os primeiros 3-5 dias caracterizam-se por febre, tosse e mal-estar gradualmente crescente, sem sinais de amigdalite. Após uma semana, a doença piora gradualmente e o doente desenvolve respiração acelerada, insuficiência respiratória e lesões de múltiplos órgãos. A pneumonia com uma nova infecção por coronavírus é mais frequentemente vista como um agravamento gradual da doença sem sintomas de amigdalite.