O tempo entre a infecção e a entrada na fase da SIDA é muito longo. O período de incubação é em média de cerca de 9 anos, enquanto que os mais longos podem ser até 15 anos e os mais curtos até alguns meses, dependendo da condição física do próprio doente e da idade em que este fica infectado. Durante o período de incubação, a maioria dos pacientes não apresenta sintomas. Durante o período de incubação, a maioria dos pacientes não apresenta sintomas, mas após o início da doença, terão febre, suores nocturnos, diarreia, perda de peso superior a 10%, e aumento generalizado persistente dos gânglios linfáticos durante mais de um mês. Podem ocorrer infecções oportunistas de múltiplos locais e sistemas em todo o corpo, tais como pneumonia por pneumocystis, meningite criptocócica, herpes zoster, e retinite por citomegalovírus. Mesmo tumores, tais como linfoma maligno, sarcoma de Kaposi, etc., podem aparecer.