Os doentes com encefalite autoimune são normalmente medicados durante dois a três meses após a alta hospitalar e precisam de cuidar bem de si próprios.
Normalmente, a encefalite autoimune é removida cirurgicamente se houver um teratoma ou outro tumor definido. Após a cirurgia, os doentes precisam de tomar medicação durante cerca de 2 a 3 meses para promover a recuperação do organismo após a cirurgia e evitar a recorrência da doença. No entanto, devido às diferenças individuais, os doentes têm de ser tratados de acordo com as suas próprias condições e sob a orientação de médicos.
Geralmente, os doentes precisam de utilizar glucocorticosteróides, como a metilprednisolona e o acetato de prednisona, conforme prescrito pelo médico, enquanto alguns doentes precisam de utilizar imunoglobulina em combinação e, se os medicamentos acima referidos não forem eficazes, podem ser utilizados rituximab, ciclofosfamida e merti-macrolide. A azatioprina é também utilizada para prevenir a recorrência da doença.
Alguns pacientes com epilepsia também precisam usar valproato de sódio, levetiracetam e outras drogas antiepilépticas, se o paciente tiver sintomas mentais, mas também seguir as instruções do médico para usar lorazepam, olanzapina, haloperidol e outras drogas antipsicóticas.
Ao mesmo tempo, os doentes precisam de desenvolver bons hábitos, para garantir um sono adequado, e precisam também de prestar mais atenção à higiene pessoal, para evitar infecções. Os doentes também precisam de regular ativamente a dieta, para garantir uma ingestão nutricional equilibrada, evitar alimentos picantes e estimulantes, de modo a não agravar os sintomas.
Recomenda-se que os doentes com encefalite autoimune sigam atempadamente as instruções do médico, devido ao risco de recorrência, não devem deixar de tomar a medicação sem autorização, de modo a evitar a recorrência da doença.