Se a tuberculose não for controlada activa e eficazmente, a mycobacterium tuberculosis pode propagar-se a todos os órgãos do corpo por três vias: corrente sanguínea, tracto linfático, e disseminação directa, resultando em tuberculose sistémica, o que é muito grave neste momento. Por exemplo, a disseminação à pleura pode resultar num derrame pleural tuberculoso, e alguns pacientes desenvolvem derrame pleural encapsulado ou hipertrofia pleural ou aderências como resultado. A tuberculose propaga-se aos ossos, tais como os ossos longos dos membros e a coluna vertebral, e alguns doentes desenvolvem fracturas ou paraplegia como resultado. A propagação para o fígado, rim, baço e órgãos reprodutores pode afectar a função dos órgãos correspondentes. Quando os bacilos da tuberculose se espalham para o cérebro e meninges, forma-se uma meningite tuberculosa. Este tipo de tuberculose tem o pior prognóstico e o pior efeito de tratamento, e pode muitas vezes levar a incapacidade.