A SIDA ataca principalmente os linfócitos T do corpo, que são células imunitárias importantes que protegem contra uma variedade de agentes patogénicos. Como o vírus da SIDA continua a replicar-se no corpo, continua a atacar os linfócitos T do corpo, causando danos ao sistema imunitário. Quando a contagem de linfócitos CD4 cai para menos de 200/mm^3, o paciente é susceptível a uma variedade de infecções, e entra frequentemente na fase da SIDA, onde o paciente está basicamente indefeso contra agentes patogénicos externos. Qualquer tipo de bactéria, fungo ou vírus pode causar a infecção, pelo que as suas manifestações são muito variadas, principalmente febre, suores nocturnos, diarreia e perda de peso superior a 10% durante mais de 1 mês, e o linfoma maligno ou sarcoma de Kaposi pode aparecer, o que pode eventualmente levar à morte.