Em geral, o tratamento da enterite com antibióticos é recomendado por um período máximo de dez dias. De forma rotineira, a enterite pode ser curada em cerca de uma semana, por isso tente não exceder dez dias. Se os sintomas da enterite não melhorarem significativamente em mais de dez dias, ou se os sintomas piorarem gradualmente, recomenda-se parar os antibióticos a tempo, fazer a cultura bacteriana relevante, ou o teste de sensibilidade aos medicamentos, escolher antibióticos eficazes ou dar algum tratamento antiviral. Ao mesmo tempo, é necessário melhorar o exame relevante para esclarecer o tipo de enterite. Se for devido a doenças do sistema imunitário, tais como colite ulcerosa, recomenda-se a administração activa de imunossupressores ou tratamento hormonal, ou pode também usar ácido para-aminosalicílico. Se for enterite por radiação, recomenda-se a gestão sintomática activa e a terapia antitumoral padronizada. Se for enterite viral, dar tratamento antiviral.