A diarreia pode durar 1-3 semanas e é geralmente aguada, sem pus, sangue ou muco, e é semelhante à diarreia vulgar. Quando o doente entra na fase da SIDA, terá também diarreia por SIDA, que pode durar mais de um mês, com mais de três movimentos intestinais por dia. Para além da diarreia, os doentes com SIDA terão febre persistente durante mais de um mês, perda de peso significativa, que pode ser superior a 10% dentro de seis meses, infecções fúngicas orais recorrentes, e pneumonia bacteriana recorrente, que pode ser facilmente combinada com doenças graves, tais como herpes zoster, tuberculose activa, e pneumonia por pneumocystis.